第九條? 縣（市）行政區域內的排污單位向縣（市）環境保護行政主管部門申領排污許可證。
前款規定以外的排污單位向設區的市或者其確定的區環境保護行政主管部門申領排污許可證。

第十條? 新建排污單位以及排污單位新建、改建、擴建項目，應當在收到環境保護行政主管部門的驗收合格文件之日起7個工作日內提出排污許可申請；有試生產項目的，應當在試生產之日起7個工作日內提出臨時排污許可申請。

第十一條? 環境保護行政主管部門接到申請后，對材料齊全的，予以受理，并出具書面受理憑證；對材料不齊全或者不符合法定形式的，應當在5個工作日內一次書面告知申請人需要補正的全部內容。

第十二條? 環境保護行政主管部門應當自受理之日起20個工作日內，依法作出許可決定。作出準予許可決定之日起10個工作日內向申請人頒發排污許可證。作出不予許可決定的，應當書面說明理由，并告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。

第十三條? 排污許可證的有效期限為3年。
臨時排污許可證有效期與試生產期限或者限期治理期限相同，但最長不超過1年。
排污指標系按照規定通過有償使用或者交易方式取得的，排污許可證的有效期與排污指標有償使用期限相同。

第十四條? 排污許可證分為正本和副本。
正本應當載明下列事項：
（一）排污單位的名稱、地址、法定代表人；
（二）排放主要污染物的種類、數量及排放去向；
（三）有效期限；
（四）發證機關、發證日期和證書編號。
副本還應當載明下列事項：
（一）排污口數量、位置；
（二）按排污口確定的主要污染物排污總量控制指標，允許年排放量、最高允許日排放量和排放濃度；
（三）間歇性、季節性排放等特別控制要求；
（四）水污染物排放執行的國家或地方標準；
（五）污染物產生的主要工序、設備裝置及污染物處理工藝和能力；
（六）按照規定通過有償使用或者交易方式取得的主要污染物排污指標（包括種類、數量、使用期限等）及其相應的費用或者價款；
（七）法律、法規、規章規定的其他事項。
排污許可證的正本和副本，具有同等效力。

第十五條? 排污許可證載明事項發生變化的，排污單位應當申請變更排污許可證。因污染物排放標準、總量控制指標等發生變化，需要對排污許可證載明事項進行變更的，環境保護行政主管部門應當以公告或者書面通知的形式告知相關排污單位。
排污單位因出現對污染防治設施進行檢修等情形，持續時間不超過3個月的，可以不辦理排污許可變更手續，但應當事先向環境保護行政主管部門報告，由環境保護行政主管部門在其排污許可證副本中予以記錄。