第二十四條　水上水下活動經海事管理機構核準公告設置安全作業區的，建設單位或者主辦單位應當設置相關的安全警示標志和配備必要的安全設施或者警戒船，切實落實通航安全評估中提出的各項安全防范措施和對策，并做好施工與通航及其它有關水上交通安全的協調工作。
　　第二十五條　與批準的水上水下活動無關的船舶、設施不得進入安全作業區。
　　建設單位、主辦單位或者施工單位不得擅自改變施工作業安全作業區的范圍。需要改變的，應當報經海事管理機構重新核準公告。
　　第二十六條　對水上水下活動產生的可能影響航行安全的障礙物，建設單位或者主辦單位應當將形狀、尺寸、位置和深度準確地報告海事管理機構，按照海事管理機構的要求設置標志，并按照通航要求及有關規定的要求及時清除遺留物。
　　第二十七條　水上水下活動完成后，建設單位或者主辦單位不得遺留任何妨礙航行的物體，并應當向海事管理機構提交通航安全報告。
　　海事管理機構收到通航安全報告后，應當及時予以核查。核查中發現存在有礙航行和作業的安全隱患的，海事管理機構有權暫停或者限制涉水工程投入使用。
　　第二十八條　海事管理機構應當建立涉水工程施工作業或活動現場監督檢查制度，依法檢查有關建設單位和施工作業單位所屬船舶、設施、人員水上通航安全作業條件和采取的通航保障措施落實情況。有關單位和人員應當予以配合。
　　第二十九條　有下列情形之一的，海事管理機構應當責令建設單位、施工單位立即停止施工作業，并采取安全防范措施。
　　（一）因惡劣自然條件嚴重影響安全的；
　　（二）施工作業水域內發生水上交通事故，危及周圍人命、財產安全的；
　　（三）其他嚴重影響施工作業安全或通航安全的情形。
　　第三十條　有下列情形之一的，海事管理機構應當責令改正，拒不改正的，海事管理機構應當責令其停止作業：
　　（一）建設單位或者業主單位未履行安全管理主體責任的；
　　（二）未落實通航安全評估提出的安全防范措施的；
　　（三）未經批準擅自更換或者增加施工作業船舶的；
　　（四）未按規定采取安全和防污染措施進行水上水下活動的；
　　（五）雇傭不符合安全標準的船舶和設施進行水上水下活動的；
　　（六）其它不滿足安全生產的情形。
　　第三十一條　海事管理機構應當建立涉水工程施工單位水上交通安全誠信制度和獎懲機制。在監督檢查過程中對發生的下列情形予以通告：
　　（一）施工過程中發生水上交通事故和船舶污染事故，造成人員傷亡和重大水域污染的；
　　（二）以不正當手段取得許可證并違法施工的；
　　（三）不服從管理、未按規定落實水上交通安全保障措施或者存在重大通航安全隱患，拒不改正而強行施工的。
　　第三十二條　違反本規定，隱瞞有關情況或者提供虛假材料，以欺騙或其他不正當手段取得許可證的，由海事管理機構撤銷其水上水下施工作業許可，注銷其許可證，并處5000元以上3萬元以下的罰款。
　　第三十三條　有下列行為或者情形之一的，海事管理機構應當責令施工作業單位、施工作業的船舶和設施立即停止施工作業，責令限期改正，并處5000元以上3萬元以下的罰款。屬于內河通航水域水上水下活動的，處5000元以上5萬元以下的罰款:
　　（一）應申請許可證而未取得，擅自進行水上水下活動的；
　　（二）許可證失效后仍進行水上水下活動的；
　　（三）使用涂改或者非法受讓的許可證進行水上水下活動的；
　　（四）未按本規定報備水上水下活動的。
　　第三十四條　有下列行為或者情形之一的，海事管理機構應當責令改正，并可以處以2000元以下的罰款；拒不改正的，海事管理機構應當責令施工作業單位、施工作業的船舶和設施停止作業。
　　（一）未按有關規定申請發布航行警告、航行通告即行實施水上水下活動的；
　　（二）水上水下活動與航行警告、航行通告中公告的內容不符的。
　　第三十五條　未按本規定取得許可證，擅自構筑、設置水上水下建筑物或設施的，禁止任何船舶進行靠泊作業。影響通航環境的，應當責令構筑、設置者限期搬遷或拆除，搬遷或拆除的有關費用由構筑、設置者自行承擔。
　　第三十六條　違反本規定，未妥善處理有礙航行和作業安全隱患并按照海事管理機構的要求采取清除、設置標志、顯示信號等措施的，由海事管理機構責令改正，并處5000元以上3萬元以下的罰款。
　　第三十七條　海事管理機構工作人員不按法定的條件進行海事行政許可或者不依法履行職責進行監督檢查，有濫用職權、徇私舞弊、玩忽職守等行為的，由其所在機構或上級機構依法給予行政處分；構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。
　　第三十八條　在軍港、漁港內從事相關水上水下活動，按照國家有關規定執行。
　　第三十九條　本規定自2011年3月1日起施行。1999年10月8日原交通部發布的《中華人民共和國水上水下施工作業通航安全管理規定》（交通部令1999年第4號）同時廢止。