HSE管理體系審核的任務不是為了發現一些不符合，重要的是通過收集HSE管理體系實施的客觀證據，來證實HSE管理體系是否符合標準要求，從總體上評價HSE管理體系的有效性和實施效果，以提供HSE管理體系審核的總體結論。

對一個組織的HSE管理體系的總體評價，可從體系實施的有效性和實施效果兩方面進行。

1．體系有效性的評價

體系有效性的評價，可通過在審核過程中收集到的對重要危害因素有效控制的客觀證據經歸納分析進行評價。體系有效性評價內容如下：

（1）體系能保證實現組織的承諾、方針和目標；

（2）對體系評價的重要危害因素能實施有效控制；

（3）通過體系的監測和測量、不符合糾正與預防、內審和管理評審等要素的實施形成了一套自我完善的機制；

（4）員工通過體系的建立與實施提高了HSE意識，并能夠自覺地遵守與本崗位有關的程序或作業指導書。

2．體系實施效果的評價

企業建立和實施HSE體系，目的是根據企業的承諾與方針，改進其整體HSE績效。因此，在HSE管理體系審核中，除了依據審核準則評價HSE管理體系本身外，還要注意運用收集到的管理體系實施成效的證據，來評價體系實施的效果。

審核員在審核中應著重就事故預防、污染防治、職業病防治、隱患整改、節能降耗方面以及通過企業的活動、產品或服務的改進帶來的HSE成效等方面評價HSE績效。

由于企業的性質和情況不同，上述HSE績效不一定會在一個組織中同時產生。但通過HSE管理體系的運行，總會在某些方面產生一定的效果。因此，認真總結審核證據對上述HSE績效作出評價，可以全面、客觀地證明體系的有效性。