各級監督機構為了補充各級政府投入的不足，往往實行有償服務，加上食品安全許可的審批和后續監管有行政收費和監測收費的利益驅動，使得各級審批部門不依照法律的規定，爭搶食品安全的審批。有的審批機構為了能讓許可申請單位能在自己的機構進行申報，擅自降低標準發放許可，甚至越權審批。使得這項審批工作出現了混亂。使得相當一部分完全不符合安全許可標準的食品流入市場，形成市場惡性競爭，不利于市場秩序的穩定。
　　（二）食品安全監管實施機制的缺陷問題
　　2011年初，輿論把大眾的目光又再次聚焦在了食品安全問題。3月的“瘦肉精”事件，4月的“染色饅頭”事件，6月的“地溝油”事件和8月的“問題血燕”事件，輿論的矛頭開始指向食品監管機關，老百姓不滿食品監管機關的執法不力，紛紛質疑包括所謂“國家免檢產品”等在內的執法合法性、合理性。
　1．監管的實施缺乏專業性
　　食品安全監管體系的正常運行需依托良好的監管技術，對檢驗檢測手段有較高的專業性技術性要求，因此在機構設置中應當使執法人員的專業素養、檢驗檢測設備的先進程度與食品監督的專業性相匹配。然而實踐中，在很多技術性事項上，對食品安全進行監管的執法人員專業性程度較低，一旦面對技術含量較高較復雜的案件時往往難以及時做出正確的判斷。例如“三氯氰胺毒奶粉”事件，以行業通用的“凱氏定氮法”能檢測出食品中的氮含量，但卻無法甄別出含氮物質是真正的蛋白質還是“偽蛋白”，這就給企業在乳制品中以添加高含氮量化合物冒充蛋白質留下可乘之機。
　　2．分段監管模式使綜合監管難以奏效難以實施
　　如前所述，雖然幾經調整，我國業已形成多部門分段監管為主，品種監管為輔的食品安全監管模式。該模式形式上看起來分工明確，權責清晰，但實際上無法真正解決監管權力在不同的行政機關間的人為劃分，導致食品安全許可監管缺位、交叉、重疊甚至是越權。
　　具體說來現行模式存在如下弊端：一是在基層的具體實務操作中，食品安全的生產環節和流通環節有時候是難以截然分開的，這樣模糊的界限勢必使得執法部門的職能管轄分工無法明確，所謂分段監管首先在“分段”上就遭遇瓶頸，無法操作。二是分段監管的背后，其實是各食品安全監管部門長期形成的各自為陣、權力交叉，這樣多頭監管容易造成沒有協調統一的運行機制進而造成職責不清，責任不明等問題。執法部門往往從自身部門利益出發遇到好處就蜂擁而上，遇到責任就退避三舍，造成要么越位監管要么缺位監管的窘境。三是食品安全監督經費來源于地方財政撥款，不同地區經濟發展水平的差異，使得分段監管的不同階段不同地區在檢測水平、技術實力和資金配給上存在較大距離，違法企業往往前往技術較薄弱的行政區域注冊完成檢驗，利用這一差異進行規避。四是分段監管模式對各監管部門的職能分工模糊、用語抽象概括，實踐中難免導致職能交叉和空白，難以實現從食品的供應、生產、流通、消費直至回收，各環節環環相扣，分段監管的監控目標。
　　3．監管模式單一化
　　在我國，食品安全行政許可一般采用事后懲罰這一補救措施，主要以年檢和定期檢查為主，十分單一。
　　年檢制度是食品安全監管的慣用手段，通常是以行政許可相對人自我申請與陳述為主。而常理下，行政許可相對人是不會自己揭露自己違反行政許可的活動的。因此企業一旦惡意造假，那么食品安全行政許可制度就如同虛設。另一方面，一年一次的定期檢查，食品生產流通企業可以很容易的通過突擊來通過相關的檢查，使年檢制度失去保障食品安全的設立初衷。近年來，一些連續多年通過年檢成為所謂馳名商標，免檢產品的食品相繼被媒體曝光，也正說明了年檢制度無法實現檢查的常態化、制度化，真正起到檢查監督的作用。
　　（三）食品安全監管的法律缺位問題
　　建立健全的法律規范體系是開展食品安全監管的前提條件。我國相繼頒布了一系列與食品安全行政許可相關的法律法規，如《食品衛生法》、《農產品質量安全法》、《乳品質量安全監督管理條例》等。目前已初步形成以基本法為統領、以管制法規為主干、以具體法規規章為支撐的龐大的食品安全法律體系。②但是，現行的食品安全法規還存在著不少漏洞。例如，雖然食品生產企業因違法受到追究，但在具體執行行政處罰過程中企業往往利用法律規范之間的沖突謀求減輕責任。而部分食品監管機構在部門利益的驅使下妥協，減少了對違法食品生產商的相關處罰，致使違法企業的違法成本明顯低于守法成本，從而加劇了其違法的機會主義傾向。
　　另一方面，相較于法律法規對行政相對人的違法責任追究有完備的實體和程序規定而言，對主導監管的行政執法機關的法律規范卻是少的不成比例。即使在認定責任的情況下，相應的行政執法責任追究制度也有待完善。例如：盡管《食品安全法》第95條規定：“縣級以上地方人民政府在食品安全監督管理中未履行職責，本行政區域出現重大食品安全事故、造成嚴重社會影響的，依法對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予記大過、降級、撤職或者開除的處分。”但實踐中由于缺乏進一步具體的問責制度，對違法違紀的執法人員的問責力度大打折扣，甚至有監管者因違法機會成本低而濫用職權或以權謀私。

　　三、完善我國食品安全行政許可監管的設想

　　（一）食品安全監管組織設置之完善
　　執法機構設置的合理布局是該機制良好運作的重要因素。食品安全監督組織的設置既要考慮行政相對人的分布狀況,又要考慮行政相對人的活動空間和活動規律,兩者都是食品安全行政許可監管機構的設置的關鍵因素，二者能否保持協調,決定著該機制能否有效的發揮監管作用。我們可以從以下兩個方面著手來完善我國食品安全監管組織的設置：
　　1．明確職能分工
　　在我國的食品安全監管中，被賦予食品安全監管職權的行政機關太多，工商局、衛生局、質檢局等都是監管主體之一，這樣監管環節多而繁瑣，執法效率低下。況且監管機關彼此間卻缺乏有效的分工，協調成本高且決策時效性差，這是我國食品監督能效地下、事故頻發的根本原因之一。
　　由此可見，食品安全監管改革的關鍵在于模式的創新。僅僅依靠提高食品安全行政許可的審批機關等級來實現食品安全的有效監管是難見成效的。只有建立一個權威的監管機構來對各級食品安全行政許可進行統一、長效、全面的監管，從而減少地方政府與食品生產行政許可事項之間的利益關聯，才能調動各級食品監督機關積極履行行政職責，真正保障人民吃上放心食品。
　　2．均衡設置監管機構
　　合理布局監管機構是食品監督機制良好運行的另一重要保證。監管機構的設置應全面權衡食品安全行政相對人的分布狀況，鑒于基層監管機關深入實踐第一線，對食品生產企業最為了解，對行政相對人執行行政許可證的情況最為熟悉，因而我們應以基層監管機關為食品安全監管的主力主體。
　　為提升對我國食品安全監管實效性，我們在設置食品監管機構是還應當注意合理規劃和調整其內部監管資源分配及結構設置,以提高基層監管機構監管能力為重點，即監管部門的類型、級別、數量的設置要根據該監管區域內申請食品安全行政許可的企業類型和企業數量來確定。
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