境保護部門責令改正，可以處1萬元以上3萬元以下罰款；情節嚴重的，并由國家環境保護總局吊銷資質證書。

　　 第二十八條 違反本辦法規定，持證單位環境污染治理設施運營超標排放的，由縣級以上環境保護部門依照有關法律法規規定予以處罰；在一年內發現兩次以上超標排放的，可以由國家環境保護總局吊銷資質證書，予以公告。

　　 第二十九條 違反本辦法規定，持證單位提交《環境污染治理設施運營情況年度報告表》時弄虛作假的，由省級環境保護部門責令改正，可以處2萬元以下罰款；情節嚴重的，由國家環境保護總局吊銷資質證書。

　　 第三十條 違反本辦法規定，偽造、變造、轉讓資質證書的，由縣級以上環境保護部門責令改正，可以并處1萬元以上3萬元以下罰款，可以由國家環境保護總局吊銷資質證書。

　　第三十一條 依照本辦法規定，被處以吊銷資質證書處罰的單位，三年內不得重新申請資質證書。

　　第六章 附 則

　　 第三十二條 在中華人民共和國境內從事環境污染治理設施運營的外商投資企業，必須符合國家有關外商投資的法律規定和產業政策要求，并依照本辦法的規定申請領取運營資質證書，取得運營資質證書后，方可從事污染治理設施運營活動。

　　 第三十三條 下列文件的格式和內容由國家環境保護總局統一規定：

　　（一）環境污染治理設施運營資質證書申請表；

　　（二）環境污染治理設施運營資質證書；

　　（三）環境污染治理設施運營情況年度報告表；

　　（四）環境污染治理設施委托運營項目備案表。

　　 第三十四條 本辦法自2004年12月10日起施行。國家環境保護總局1999年3月26日頒布的《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法（試行）》同時廢止。