違章指揮不但普遍存在于企業的生產經營之中，而且嚴重干擾和影響著企業的安全管理，隨時導致生產安全事故發生，殃及一線員工的生命安全。所以，對違章指揮的危害性，我們必須保持清醒的認識和高度的警惕，決不能等閑視之，麻木不仁。

一、違章指揮的潛伏性危害。從安全系統工程的角度去分析事故，表面情況下看似一線員工違章作業，實則是生產指揮、調度、組織層面人員違章指揮造成的。因為違章指揮往往不是直接違章，不易被人注意，特別是違章指揮實施時不易被發現。因此，當具體操作、施工的人員因違章事故而被追究時違章指揮的指揮、調度、組織人員往往容易逃脫應該被追究的責。如果從安全系統工程的角度進行深層次分析，還會發現許多事故表面上看是一線員工違章作業，本質原因往往是企業生產指揮、調度、組織層面人員的違章指揮。這種違章指揮具有很大的潛伏性，具體表現在以下方面：一是生產人員的組合不合理，生產過程中混亂，因而導致安全隱患潛伏于整個生產過程之中，隨時導致生產安全事故發生；二是生產設備、場地與生產人員的配置不科學，生產人員在生產過程中容易錯誤地使用設備、場地，導致生產事故發生；三是對生產人員的使用性錯誤，比如讓因心態不佳、技術不良、責任心缺乏的人員去干最需要責任心、精湛技術以及心態平穩的人員去干的活，最終導致生產安全事故發生；四是讓生產人員在設備安全裝置、安全設施不完善或不標準，或設備超負荷情況下進行生產，最后導致生產安全事故發生；五是盲目追求生產進度，只求生產效益，不管生產人員人身安全。如此等等的潛伏性原因，常常是生產指揮、調度、組織層面人員違章指揮留下的隱患。這種潛伏性違章指揮，最難發現，而且危害性極大，是企業安全生產必須防范的重要環節。

二、違章指揮的復發性危害。違章指揮既具有很強的潛伏性，更具有十分頑固的復發性。這種頑固的復發性的產生，主要是心理定勢的支配和違章指揮潛伏性的掩護作用兩大方面的原因。違章指揮的復發性，首先在于違章指揮的習慣性形成。如果企業生產的指揮、調度、組織人員對按章指揮的重要性和必要性認識失誤，同時又缺乏認真負責的崗位職業道德；如果違章指揮造成事故而又沒有受到必要的懲罰，或者違章指揮僥幸地沒發生事故，勢必產生違章指揮不會有什么問題的心理定勢。這種心理定勢一旦形成，企業生產的指揮、調度、組織人員長期受到這種心理定勢的支配，養成違章指揮習慣，從而導致違章指揮的習慣性復發。這種心理定勢支配下的違章指揮習慣性復發現象，不僅極難克服，而且危害極大。其次，違章指揮的潛伏性對違章指揮具有很大的掩護作用。企業生產過程中，指揮、調度、組織人員的違章指揮因潛伏性而不易被發現，可以逃脫監督、指責、批評甚或處罰，從而對違章指揮起到一種很有效的掩護作用。這種掩護作用，可以讓應該被制止的違章指揮行為在生產過程中愈演愈烈，增大違章指揮一再復發的可能，體現出極強的復發性。

三、違章指揮的輻射性危害。違章指揮的危害性，不僅僅在于某一次違章指揮對生產管理活動的破壞，更在于違章指揮具有很強的輻射性，多層次地讓企業生產管理產生嚴重的負面效應。由于違章指揮是發生于企業生產領導層的行為，任何一個生產指揮、調度、組織人員都有可能具有這種行為。在企業生產領導層的各個層次中，級別越高的管理者違章指揮的負面效應就越大。一個項目經理的違章指揮行為，無疑是下一層的主管、班組長最好的“榜樣”。 項目經理違章指揮一旦不受到處罰，手下的主管即會認為違章指揮是被允許的，就會將生產過程中的違章指揮行為不當作一回事；主管可以任意而為，不注重安全生產，班組長同樣可以效法行事；班組長如果面對違章行為聽之任之，自然可以潛移默化至手下所有的員工，促使違章操作行為漫延泛濫，甚或將違章操作當作工作經驗。