水上鉆探施工除遵守陸上鉆探施工有關安全規定外，還必須遵守以下規定：
1.進場施工前必須先到現場了解施工水域的水深、河空、航道船只來往情況，鉆孔布置位置以及有關水文、氣象資料等情況，編好施工設計，制訂技術措施和安全生產措施。
2.根據施工占用航道的情況，向航運安監部門提出申請，確定施工水域范圍，設置航標及其他安全設施。
3.在水上進行鉆探或基樁施工必須使用專用船只或架設固定式平臺，其規格大小應以保證施工安全為前提。
4.在安裝設備時，人員要站穩，升降設備時操作要平穩，使用鉆塔不宜太高，設備與底座連接牢固，設備分布要合理，以保持工作平臺各部位受力均衡。
5.工作平臺四周應安設牢固的防護欄桿，設人員上下船（臺）專用梯子。
6.水上工作船（臺）面上必須鋪設地板，不得留有孔洞。工具、材料擺放要整齊干凈。
7.鉆探船（臺）上應備有足夠的救生設備和消防器材，并放置在明顯位置。
8.在通航的水道上施工夜間應懸掛信號燈，夜間作業應有足夠的照明。
9.接送工作人員和運送材料的船只應由專人負責，船只不得超載，船上工作人員應穿上救生衣。
10．施工期間要密切注意風、雨、水情的變化，遇四級以上大風應停止水上一切作業；遇臺風、洪汛預報，作業人員要及時回到岸上。
11.作業船(臺)遠離岸邊施工時，船（臺）上應備有無線通訊工具，并與岸上基地保持聯系。
12．發生孔內事故，嚴禁使用千斤頂起拔事故鉆具。
13. 為防止水面漂浮物對船（臺）的沖擊，應在船（臺）上游方向設置“A”字形欄擋架。
14.加強對職工水上施工安全教育，重視安全生產，自覺遵守水上交通規則。
15.加強安全管理，明確崗位職責，遵守勞動紀律。