鑒于自然災害對傳染病發病的上述影響，自然災害后的傳染病防治工作，應有與正常時期不同的特征，且防治的組織領導應是政府有關部門。根據災害時期傳染病的發病特征，可將傳染病控制工作劃分為四個時期。

（一）災害前期

我國是一個大國，一些地區為自然災害的易發地區。因此，在災害發生前，應有所準備，其中包括傳染病防治工作。

1、基本資料的積累。為災害時期制定科學的防治對策，應注重平時的基本資料的積累，包括人口資料、健康資料、傳染病發病資料、主要的地方病分布資料以及主要的動物宿主與媒介的分布資料等。

2、傳染病控制預案的制訂。在一些易于受災的地區、如地震活躍區，大江大河下游的低洼地區以及分洪區等，都應有災害時期的緊急處置預案，其中也應包括傳染病控制預案。預案應根據每個易受災地區的具體情況，確定不同時期的防病重點。可供派入災區的機動隊伍的配置，以及急需的防病物資、器材的儲備地點與調配方案等，也應在預防中加以考慮。

由于自然災害的突發性，不可能針對每一個可能受災的地區制訂預案，應根據一些典型地區制定出較為詳細的預案，以作示范之用。

3、機動防疫隊準備。由于自然災害的重點沖擊，災區內往往沒有足夠的衛生防疫和醫療力量以應對已發生的緊急情況。在突發性的災害面前，已有的防疫隊伍也往往陷于暫時的混亂與癱瘓狀態。因此，當重大的自然自然災害發生后，必須要派遣機動防疫隊伍進入災區支援疾病控制工作。

4、針對一些易受災地區，應定期對這些機動隊伍的人員進行訓練，使其對主要機動方向的衛生和疾病情況，進入災區后可能遇到的問題有所了解。在人員變動時，這些機動隊伍的人員也應及時得到補充和調整，使其隨時處于能夠應付突發事件的狀態。

（二）災害沖擊期

在大規模的自然災害突然襲擊的時候，實際上不可能展開有效的疾病防治工作。但在這一時期內，以緊急救護為目的派入災區的醫療隊，就應當配備足夠數量的飲水消毒之地和預防與處理腸道傳染病的藥物，并注意發生大規模傳染病的征兆，做出適當處理，以控制最初的疾病暴發流行。