第二節一般程序
　　
　　第二十條　除本辦法第十八條　規定可以適用簡易程序當場作出決定的行政處罰外，環境保護行政主管部門實施的其他行政處罰均應遵守本辦法規定的一般程序。
　　
　　第二十一條　環境保護行政主管部門對通過檢查發現或者接到舉報、控告、移送的環境違法行為，應予審查，并在7日內決定是否立案。
　　
　　第二十二條　環境保護行政主管部門對登記立案的環境違法行為，必須指定專人負責，及時組織調查取證。
　　
　　執法人員調查取證時，應當向當事人或者有關人員出示行政執法證件。詢問或者調查應當制作筆錄。
　　
　　第二十三條　環境保護執法人員在調查過程中，有權進入現場進行調查和取證，查閱或者復制排污單位的排污記錄和其他有關資料。
　　
　　環境保護行政主管部門及其執法人員應當為被調查單位或者個人保守有關技術秘密和業務秘密。
　　
　　第二十四條　環境保護行政主管部門對立案查處的環境違法行為，需要進行環境監測的，應當組織環境監測機構或者經環境保護行政主管部門確認的其他監測機構進行監測。環境監測機構和經確認的其他監測機構，應當出具環境監測結果報告。
　　
　　環境監測結果報告經環境保護行政主管部門審查屬實，可以作為查處環境違法行為的證據。
　　
　　第二十五條　調查終結，環境保護行政主管部門組織調查的機構應當提出已查明違法行為的事實和證據以及依法給予行政處罰的初步意見，送本部門法制工作機構審查。
　　
　　第二十六條　環境保護行政主管部門法制工作機構應對案件的以下內容進行審查：
　　
　　（一）違法事實是否清楚；
　　
　　（二）證據是否確鑿；
　　
　　（三）調查取證是否符合法定程序；
　　
　　（四）適用法律是否正確；
　　
　　（五）處罰種類和幅度是否適當；
　　
　　（六）當事人陳述和申辯的理由是否成立。
　　
　　經審查發現違法事實不清、證據不足或者調查取證不符合法定程序時，應當通知執行調查任務的執法人員補充調查取證或者依法重新調查取證。
　　
　　審查終結，法制工作機構應當提出處理意見，報本部門負責人審批。
　　
　　第二十七條　環境保護行政主管部門的負責人經過審議，分別作出如下處理：
　　
　　（一）違法事實不能成立或者違法行為輕微，依法可以不予行政處罰的，不予行政處罰。
　　
　　（二）違法事實成立，決定給予行政處罰的，由本部門法定代表人簽發《環境保護行政處罰決定書》；對其中重大環境違法行為給予處罰或者給予較重行政處罰的，本部門的負責人應當集體討論決定。
　　
　　（三）法律、法規和規章規定行政處罰必須報請上級環境保護行政主管部門批準的，應以書面形式報告，經批準后方可作出處罰決定。
　　
　　（四）法律、法規和規章規定由人民政府實施處罰的，應在提出處罰意見后，連同全部案件材料報人民政府決定是否實施行政處罰。
　　
　　（五）環境違法行為觸犯刑法，涉嫌構成犯罪的，將案件移送司法機關，依法追究刑事責任。