職業健康體檢是企業履行主體責任時，非常重要且直觀的一環。包括了上崗前、在崗期間、離崗時、應急的職業健康體檢，以及離崗后的醫學隨訪。不論是哪類職業健康體檢，大體都遵循以下工作程序：確定體檢對象與體檢項目→確定體檢時間→體檢→領取體檢結果→體檢結果解讀與通報→歸檔等。
        1.確定體檢對象與體檢項目
        體檢對象的確定是職業健康體檢的首要工作，確定的依據是“職業健康危害因素辨識與評價表”中界定出來的危險工作崗位，且危害等級達到3級及以上者。體檢項目要根據不同的危害因素，對照《職業健康監護管理辦法》中的體檢項目要求安排體檢。職業健康體檢是一項長期工作，不可能也沒有必要每次體檢時，都對體檢對象和體檢項目做出評估。同時，為了提高與承擔體檢單位之間溝通協調的效率，以及便于查閱，可以按照下表的模式，一次確立不同的工種或危害因素相應的體檢項目及其他事宜。
        2.確定體檢時間
        為了便于體檢機構統籌安排，合理調配資源，從而確保體檢質量。企業在每次體檢之前，特別是大批集體體檢之前，有必要和體檢機構溝通協調，以確定合理的體檢時間。應保證企業合理安排工作，不影響正常生產活動。另外，為了保證體檢能真實反映員工身體健康狀況，有些體檢項目體檢之前，必須讓員工離開接觸有害因素的崗位足夠時間，方可進行體檢，事先確定體檢時間也便于使企業合理調度人員，從容應對。
        3.體檢
        體檢前1～2天，一定要將“體檢注意事項”清晰地傳達給體檢員工并確保體檢人員知曉。體檢過程中需要重點杜絕的問題就是弄虛作假，這需要企業與體檢機構共同把關。企業可指定專門部門或人員全程監控體檢過程、逐一核對;體檢機構可采取攝像、核對身份證、逐層核對等方式把關，發現異常情況，立即終止體檢并及時通知企業。
        4.體檢結果與評價
        體檢機構做出體檢評價前，企業應向體檢機構如實提供崗位員工接觸危害因素的名稱、主要的生產工藝流程、環境檢測結果等資料。企業職業衛生人員要及時向體檢機構了解員工職業健康體檢結果，為體檢結果的正確解讀作好準備。
        5.體檢結果解讀與通報
        體檢結果的解讀包括如下幾個方面：(1)員工身體是否正常，產生異常的原因是什么?是否與工作因素有關?(2)本次體檢結果與既往體檢結果有何不同，產生不同的原因是什么，是否與工作因素有關?在明了上述問題后，一份體檢結果的解讀基本就比較全面，也容易得出客觀的結果。體檢結果的解讀是一件非常嚴肅且嚴謹的工作，其正確與否不僅關系到員工的正當權益能否得到保障，也關系到企業應承擔怎樣的法律責任。因此，體檢結果解讀人員除要具備深厚的醫學專業知識外，還要有較強的政策把握能力。
        體檢結果解讀后，要將體檢結果書面通報給員工。此時，企業職業衛生人員應告知員工體檢解讀的真實情況，并認真細致地解答員工的詢問。
        6.歸檔
        體檢結果作為一份重要資料，應及時歸入到員工個人“職業健康監護檔案”里，妥善保管。但是，體檢結果并不是一個簡單的歸檔處理，企業還要對結果進行動態綜合分析。即將最新體檢結果與既往體檢結果進行對比，描繪出不同項目體檢結果的變化曲線，這樣就能很直觀地看出員工身體健康狀況的變化情況，為企業的健康干預提供技術依據。