由于流通環節食品安全上接生產環節，下聯消費環節，涉及面廣、情況復雜，既要會同或配合相關部門加強源頭治理和跟蹤防范，更要強化食品市場各環節的監管執法，經過多年來的食品安全專項整治，雖然總體形勢好轉，但流通環節食品安全形勢依然比較嚴峻，還存在不少問題和薄弱環節，主要是：一些地方和執法人員對食品安全監管工作的長期性、復雜性、艱巨性認識不足，食品質量和經營秩序不規范問題還存在不少薄弱環節，特別是農村食品安全和無著無證經營食品的問題尤為突出；食品市場監管手段，尤其是質量監測手段和信息化監管網絡建設相對滯后；流通環節食品安全長效監管機制和源頭治理尚需進一步完善，特別是法制體系建設和落實食品經營者第一責任的任務還十分艱巨等。
一、食品安全監管的艱巨性和長期性是一個永恒的主題通過幾年的食品安全專項整治，食品市場秩序多年存在的一些突出問題和薄弱環節已經觸及，但仍未得到根本解決，治本的任務仍然繁重。從食品市場違法違章行為發生的特點看，由于受利益機制的驅使，假冒偽劣等不合格食品案件易發多發，變換花樣，禁而不止；從市場經濟發展的歷史進程看，市場行為固有的短期型和盲目性的克服，法制觀念的增強和誠信意識的培養，市場體系的培育和完善，法制體系的建立健全等，都決非旦夕之功，不可能一蹴而就，食品安全專項整治將貫穿于整頓和規范市場經濟秩序的全過程；從食品安全突發事件來看，不僅僅是中國的國內問題，而是屬于全球性的國際問題；從食品自身的安全性能而言，零風險的食品是不存在的。擺在我們面前的是長期而又艱巨的任務，正如吳儀副總理在總局呈報國務院的《關于2006年流通環節食品安全專項整治工作情況的報告》上所作的重要批示：工作抓得不錯，望再接再厲。食品安全永遠要抓下去，絲毫不能放松。
二、農村食品安全是監管薄弱環節比較突出的地區從目前的食品安全整體情況而言，食品安全監管，最艱巨的任務及最薄弱的環節仍然在農村。從經營主體來看，農村食品市場經營主體點多分散、涉及人員眾多面廣、監管任務繁多重大。從查處違法行為來看，去年查處的農村食品安全違法案件占全國的90.46%，查處的不合格食品占全國的52.09%，大量的食品違法案件發生在農村。從執法監管人員數量和執法手段來看，農村執法人員很少，農村基層工商所建設滯后，執法手段落后，還停留在眼看、手摸、鼻聞等一些原始手段上。從各地整治情況來看，工作進展還很不平衡，一些農村食品市場還存在諸多問題，無證照生產經營食品，制售有毒有害、假冒偽劣等不合格食品違法行為在一些地方比較突出，損害了農村消費者的身體健康，應將食品安全監管的重點轉移到農村。
三、無證無照經營食品的問題亟待全社會關注和治理從食品安全全局來看，流通環節食品安全涉及內容復雜、政策性強，無證無照經營食品的問題成為食品安全專項整治工作不到位的難題。從無證無照經營食品問題來看，無證無照經營食品的經營者大多是下崗職工、失業人員、農民等貧困人員，其經營收入往往是全家唯一的生活來源，具有流動、分散、隱蔽、隨意性的特點，有的檢查時或關門或逃走，有的取締后另起爐灶，有的強行取締時，則會形成“尋求生存權”與“履行職責權”的對抗，極易導致群體事件的發生，成為困擾各地的一個社會難題，應在當地政府的領導下積極主動地實施社會綜合治理。
四、經營者自律制度的建立是食品安全監管的治本環節雖然國家有關部門發布了一系列經營者自律行為的規范性文件制度，但僅僅依靠經營者自己落實自律制度是遠遠不夠的，還要高度重視引導教育、社會監督和工商督查等外在措施。我們要認識到，目前對不落實經營者自律制度的行為缺乏具體有力的監督、約束和懲戒機制，經營者自律制度行為的社會監督與控制缺乏相應的法律制度保障。必須努力建立教育、倡導、約束、監督、懲戒相統一的機制，鼓勵與規范經營者的誠信經營行為，形成工商積極引導、經營者嚴格自律、社會密切關注與監督的自律制度建設建設格局。這里的關鍵是：要讓廣大經營者通過實施自律制度真正體會到與提高其經濟效益是正比關系，這是落實企業經營者自律制度的根本原則，只有這一原則得到體現，才能切實把自律制度扶上自覺自愿自律的綠色通道。