集裝箱堆場針對不同的貨物種類設定有不同的管理區域和措施。一般集裝箱在水里能保持48小時的水密，所以一般的風吹雨打是沒有任何問題的。

　　首先，集裝箱不怕雨淋，因為是密閉狀態，除非箱頂有破損，所以在大多數集裝箱港區和堆場有專門人員從事查看箱頂的工作。

　　其次，集裝箱分重箱（有貨物）和空箱（無貨物）之分，一般來講重箱最多只能堆到4只高，因此無需擔心大風刮落。而空箱可以堆到8只高，且沒有貨物，自重較輕，大風天氣極有可能吹落，但是空箱往往百只以上堆在一起，以長方形密布緊挨在一起，相互作用力下形成一定的抗風力，只需簡單采取外圍固定即可。

　　還有，危險品集裝箱必須堆存在危險品堆場，堆場有監控、噴淋、巡檢等措施，危險品箱堆存規定不得超過2只高，且高危危險品不得堆在上層，因此不會倒地。

　　另外，危險品送入集裝箱前必須加外包裝，一般為密閉桶裝后集中打包，再惡劣的天氣也不怕損壞或泄漏。而危險品集裝罐（通常存儲氣態、液態等）外層充有惰性氣體，更加安全。

　　對于特種箱比如危險品有專門的堆棧，危險品堆棧一般在特殊的倉庫里里面有專用的消防、安全設備檢測危險品貨物。

　　在6級以下的風力的情況下，4個高－5個高的集裝箱是不會被吹倒的，如有必要會在箱子底部安裝底鎖固定，在大風情況下比如臺風來的時候就需要采取特別措施了，比如安裝檔風墻和設定固定鎖保證安全。