1、沼氣站必須對新進站的人員進行系統的安全教育，并建立定期的安全學習制度。
2、沼氣站應在明顯位置配備消防器材和防護救生器具及用品。
3、應制定火警、易燃及有害氣體泄漏、爆炸、自然災害等意外突發事件的緊急預案。應在主要設施醒目位置設立禁火標志，嚴禁煙火。
4、運行管理人員和安全監督人員必須熟悉沼氣站存在的各種危險、有害因素和由于操作不當所帶來的危害。
5、各崗位操作人員上崗時必須穿戴相應的勞保用品，做好安全衛生工作。
6、對產生、輸送、貯存沼氣的設施應做好安全防護，嚴禁沼氣泄漏或空氣進入厭氧消化器及沼氣貯氣、配氣系統；嚴禁違章明火作業；貯氣柜蓄水池內的水嚴禁隨意排放，冬季防凍，以防罐內產生負壓損壞罐體。當水封的水PH小于6時及時換水。外表注意防銹。
7、厭氧發酵罐溢流管必須保持通暢，應保證厭氧發酵罐水封高度，冬季應每日檢查。環境溫度低于0°C時，應防止水封結冰。
8、凡在對具有有害氣體或可燃氣體的構筑物或容器進行放空清理和維修時，應打開人孔與頂蓋，采用強制通風措施24小時，采用活體小動物進行有害氣體檢測無誤后檢修人員方可進入，池外必須有人進行安全保護，防止意外發生。
9、電源電壓波幅大于額定電壓5％時，不宜啟動電機。電器設備必須可靠接地。操作電器開關，應按電工安全用電操作規程進行。信號電源必須采用36V安全電壓以下。
10、沼氣站嚴禁煙火，并在醒目位置設置“嚴禁煙火”標志；嚴禁違章明火作業，動火操作必須采取安全防護措施，并經過安全部門審批；禁止石器、鐵器過激碰撞。操作人員應熟練掌握，并會使用滅火器。
11、各種設備維修時必須斷電，并應在開關處懸掛維修標牌后，方可操作。
12、上下爬梯，在構筑物上以及敞開池、井邊巡視和操作時，應注意安全，防止滑倒或墮落，雨天或冰雪天氣應特別注意防滑。
13、清理機電設備及周圍環境衛生時，嚴禁開機擦拭設備運轉，沖洗水不得濺到電纜頭和電機帶電部位及潤滑部位。
14、嚴禁非專業人員啟閉有關的機電設備。
15、具有有毒、有害氣體、易燃氣體、異味、粉塵和環境潮濕的地點，必須通風良好。
16、設備、設施維護保養按設備說明書進行。
17、避雷針每年應在雷雨季節前保養一次。