請問：獨棟煙花爆竹批發倉庫已采取分隔防護措施，相互之間不會引起同時爆炸或燃燒，在重大危險源辨識中，是否可以分別計算藥量，取其最大值作為辨識指標？

不可以。依據《煙花爆竹重大危險源辨識》第4.3條規定，每棟獨立的煙花爆竹成品倉庫劃分為一個儲存單元。